1. Khai thuế đối với trường hợp nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ, nộp thuế TNDN trên cơ sở kê khai doanh thu, chi phí để xác định thu nhập chịu thuế TNDN

- Bên Việt Nam ký hợp đồng với Nhà thầu nước ngoài, Nhà thầu nước ngoài ký hợp đồng với Nhà thầu phụ nước ngoài có trách nhiệm thông báo bằng văn bản với cơ quan thuế về việc Nhà thầu nước ngoài, Nhà thầu phụ nước ngoài thực hiện nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ, nộp thuế TNDN trên cơ sở kê khai doanh thu, chi phí để xác định thu nhập tính thuế TNDN trong phạm vi 20 ngày làm việc kể từ khi ký hợp đồng.

        - Khi cơ quan thuế cấp Giấy chứng nhận đăng ký thuế cho Nhà thầu nước ngoài, Nhà thầu phụ nước ngoài thì Nhà thầu nước ngoài, Nhà thầu phụ nước ngoài có trách nhiệm gửi 01 bản chụp Giấy chứng nhận đăng ký thuế có xác nhận của Nhà thầu nước ngoài, Nhà thầu phụ nước ngoài cho bên Việt Nam hoặc Nhà thầu nước ngoài. Trường hợp có phát sinh việc thanh toán cho Nhà thầu nước ngoài trong thời gian bên Việt Nam chưa nhận được bản chụp Giấy chứng nhận đăng ký thuế của Nhà thầu nước ngoài thì bên Việt Nam tạm thời khấu trừ và nộp khoản thuế GTGT, thuế TNDN Nhà thầu nước ngoài phải nộp như hướng dẫn tại khoản 2 Điều này.

        a) Khai thuế GTGT

Nhà thầu nước ngoài thực hiện khai thuế giá trị gia tăng theo quy định tại Điều 10 Thông tư này.

b) Khai thuế TNDN

Nhà thầu nước ngoài thực hiện khai thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định tại Điều 11 Thông tư này.

c) Hồ sơ Thông báo miễn, giảm thuế theo Hiệp định

Trường hợp nhà thầu nước ngoài thuộc diện được miễn thuế, giảm thuế do áp dụng Hiệp định tránh đánh thuế hai lần giữa Việt Nam và nước, vùng lãnh thổ khác thì thực hiện thêm thủ tục sau:

Khi tạm tính thuế thu nhập doanh nghiệp, người nộp thuế gửi hồ sơ thông báo thuộc diện miễn, giảm thuế theo Hiệp định cho cơ quan thuế cùng Tờ khai thuế thu nhập doanh nghiệp quý theo mẫu số 01A/TNDN hoặc mẫu số 01B/TNDN ban hành kèm theo Thông tư này. Hồ sơ gồm:

- Thông báo thuộc diện miễn, giảm thuế theo Hiệp định theo mẫu số 01/HTQT  ban hành kèm theo Thông tư này;

Trường hợp vì lý do bất khả kháng, người nộp thuế không cung cấp đủ các thông tin hoặc tài liệu theo yêu cầu của Thông báo này, đề nghị giải trình cụ thể tại Thông báo này.

- Bản gốc Giấy chứng nhận cư trú do cơ quan thuế của nước cư trú cấp ngay trước năm thông báo thuộc diện miễn, giảm thuế theo Hiệp định đã được hợp pháp hoá lãnh sự;

- Bản chụp hợp đồng ký kết với các tổ chức, cá nhân tại Việt Nam và nước ngoài có xác nhận của người nộp thuế.

Trường hợp năm trước đó người nộp thuế đã thông báo thuộc diện miễn, giảm thuế theo Hiệp định thì các năm tiếp theo chỉ cần thông báo các bản chụp hợp đồng ký kết với các tổ chức, cá nhân tại Việt Nam và nước ngoài mới (nếu có) có xác nhận của người nộp thuế.

Khi khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp, người nộp thuế gửi Giấy chứng nhận cư trú đã được hợp pháp hoá lãnh sự của năm tính thuế đó và xác nhận về việc thực hiện hợp đồng của các bên ký kết hợp đồng cùng Tờ khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp theo mẫu số 03/TNDN ban hành kèm theo Thông tư này.

d) Nhà thầu nước ngoài, Nhà thầu phụ nước ngoài thực hiện nghĩa vụ thuế theo hướng dẫn tại khoản 1 Điều này, nếu tiếp tục ký hợp đồng nhà thầu hoặc hợp đồng nhà thầu phụ khác tại Việt Nam khi chưa kết thúc hợp đồng nhà thầu hoặc hợp đồng nhà thầu phụ cũ thì tiếp tục khai, nộp thuế như hướng dẫn tại khoản 1 Điều này.

Trường hợp việc ký kết, thực hiện hợp đồng nhà thầu hoặc hợp đồng nhà thầu phụ mới vào thời điểm hợp đồng nhà thầu hoặc hợp đồng nhà thầu phụ cũ đã kết thúc, nếu được thực hiện khai thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ, khai thuế TNDN trên cơ sở kê khai doanh thu, chi phí để xác định thu nhập chịu thuế TNDN, thì Nhà thầu nước ngoài, Nhà thầu phụ nước ngoài thực hiện nghĩa vụ thuế cho hợp đồng mới theo hướng dẫn tại khoản 1 Điều này.

Trường hợp cùng một thời điểm mà Nhà thầu nước ngoài, Nhà thầu phụ nước ngoài thực hiện nhiều hợp đồng, nếu có một hợp đồng đủ điều kiện để Nhà thầu nước ngoài, Nhà thầu phụ nước ngoài khai thuế theo hướng dẫn tại khoản 1 Điều này thì các hợp đồng khác (kể cả những hợp đồng không đủ điều kiện) cũng phải thực hiện khai thuế theo hướng dẫn tại  khoản 1 Điều này.