3. Khai thuế đối với trường hợp nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ, nộp thuế TNDN theo tỷ lệ % tính trên doanh thu

- Nhà thầu nước ngoài, Nhà thầu phụ nước ngoài trực tiếp thực hiện khai thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ, thuế TNDN theo tỷ lệ % tính trên doanh thu nộp hồ sơ khai thuế, hồ sơ khai quyết toán thuế cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp Bên Việt Nam.

Đối với hợp đồng nhà thầu là hợp đồng xây dựng, lắp đặt thì nộp hồ sơ khai thuế, hồ sơ khai quyết toán thuế cho cơ quan thuế địa phương nơi diễn ra hoạt động xây dựng, lắp đặt.

- Trong phạm vi 20 ngày làm việc kể từ khi ký hợp đồng, Bên Việt Nam ký hợp đồng với Nhà thầu nước ngoài, Nhà thầu nước ngoài ký hợp đồng với Nhà thầu phụ nước ngoài có trách nhiệm thông báo bằng văn bản với cơ quan thuế địa phương nơi Nhà thầu nước ngoài, Nhà thầu phụ nước ngoài đăng ký nộp thuế về việc Nhà thầu nước ngoài, Nhà thầu phụ nước ngoài trực tiếp đăng ký và thực hiện nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ, nộp thuế TNDN theo tỷ lệ % trên doanh thu chịu thuế.

        - Khi cơ quan thuế cấp Giấy chứng nhận đăng ký thuế cho Nhà thầu nước ngoài, nhà thầu phụ nước ngoài thì Nhà thầu nước ngoài, Nhà thầu phụ nước ngoài có trách nhiệm gửi 01 bản chụp Giấy chứng nhận đăng ký thuế có xác nhận của Nhà thầu nước ngoài, Nhà thầu phụ nước ngoài cho bên Việt Nam hoặc Nhà thầu nước ngoài. Trường hợp có phát sinh việc thanh toán cho Nhà thầu nước ngoài trong thời gian bên Việt Nam chưa nhận được bản chụp Giấy chứng nhận đăng ký thuế của Nhà thầu nước ngoài thì bên Việt Nam tạm thời khấu trừ và nộp khoản thuế GTGT, thuế TNDN Nhà thầu nước ngoài phải nộp như hướng dẫn tại khoản 2 Điều này.

        a) Khai thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ theo quy định tại Điều 10 Thông tư này.

b) Khai thuế thu nhập doanh nghiệp theo tỷ lệ % tính trên doanh thu là loại khai theo lần phát sinh khi nhà thầu nước ngoài nhận được tiền thanh toán và khai quyết toán khi kết thúc hợp đồng nhà thầu.

 Trường hợp nhà thầu nước ngoài nhận được tiền thanh toán nhiều lần trong tháng thì có thể đăng ký khai thuế theo tháng thay cho việc khai theo từng lần phát sinh.

b.1) Hồ sơ khai thuế:

- Tờ khai thuế theo mẫu số 03/NTNN ban hành kèm theo Thông tư này;

- Bản chụp hợp đồng nhà thầu, hợp đồng nhà thầu phụ có xác nhận của người nộp thuế (đối với lần khai thuế đầu tiên của hợp đồng nhà thầu);

- Bản chụp giấy phép kinh doanh hoặc giấy phép hành nghề có xác nhận của người nộp thuế.

b.2) Hồ sơ Thông báo miễn, giảm thuế theo Hiệp định:

Trường hợp nhà thầu nước ngoài thuộc diện được miễn thuế, giảm thuế theo Hiệp định thì thực hiện thêm các thủ tục sau:

Mười lăm ngày trước thời hạn khai thuế, nhà thầu nước ngoài gửi cho cơ quan thuế hồ sơ thông báo thuộc diện miễn, giảm thuế theo Hiệp định. Hồ sơ gồm:

+ Thông báo thuộc diện miễn, giảm thuế theo Hiệp định mẫu 01/HTQT ban hành kèm theo Thông tư này;

Trường hợp vì lý do bất khả kháng, người nộp thuế không cung cấp đủ các thông tin hoặc tài liệu theo yêu cầu của Thông báo này, đề nghị giải trình cụ thể tại Thông báo này.

+ Bản gốc Giấy chứng nhận cư trú do cơ quan thuế của nước cư trú cấp ngay trước năm thông báo thuộc diện miễn, giảm thuế theo Hiệp định đã được hợp pháp hoá lãnh sự;

+ Bản chụp hợp đồng ký kết với các tổ chức, cá nhân tại Việt Nam có xác nhận của người nộp thuế.

Trường hợp năm trước đó đã thông báo thuộc diện miễn, giảm thuế theo Hiệp định thì các năm tiếp theo chỉ cần thông báo các bản chụp hợp đồng kinh tế mới ký kết với các tổ chức, cá nhân tại Việt Nam và nước ngoài có xác nhận của người nộp thuế (nếu có).

Mười lăm ngày trước khi kết thúc hợp đồng làm việc tại Việt Nam hoặc kết thúc năm tính thuế (tuỳ theo thời điểm nào diễn ra trước) nhà thầu nước ngoài gửi Giấy chứng nhận cư trú đã được hợp pháp hoá lãnh sự của năm tính thuế đó cho bên Việt Nam kí kết hợp đồng hoặc chi trả thu nhập.

Trường hợp vào thời điểm trên vẫn chưa có được Giấy chứng nhận cư trú thì nhà thầu nước ngoài có nghĩa vụ cam kết gửi Giấy chứng nhận cư trú đã được hợp pháp hoá lãnh sự trong quý I của năm tiếp theo.

b.3) Hồ sơ khai quyết toán thuế:

- Tờ khai Quyết toán thuế nhà thầu theo mẫu số 04/NTNN ban hành kèm theo Thông tư này;

- Bảng kê các Nhà thầu phụ Việt Nam tham gia thực hiện hợp đồng nhà thầu  theo mẫu số 02-2/NTNN ban hành kèm theo Thông tư này;

- Bảng kê chứng từ nộp thuế,

- Bản thanh lý hợp đồng nhà thầu.