2. Hồ sơ hoàn thuế thuộc đối tượng kiểm tra trước khi hoàn thuế thuộc một trong các trường hợp

- Hoàn thuế theo quy định của điều ước quốc tế mà nước Cộng hoà xã hội chủ nghĩa Việt Nam là thành viên.

- Người nộp thuế đề nghị hoàn thuế lần đầu, trừ trường hợp đề nghị hoàn thuế thu nhập cá nhân. Người nộp thuế đề nghị hoàn thuế lần đầu thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế là người nộp thuế có hồ sơ đề nghị hoàn thuế gửi đến cơ quan thuế lần đầu và thuộc đối tượng, trường hợp được hoàn thuế. Trường hợp người nộp thuế có hồ sơ đề nghị hoàn thuế gửi đến cơ quan thuế lần đầu nhưng không thuộc đối tượng và trường hợp được hoàn thuế thì lần đề nghị hoàn thuế kế tiếp theo vẫn thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau.

- Người nộp thuế đề nghị hoàn thuế trong thời hạn 02 năm, kể từ thời điểm bị xử lý về hành vi trốn thuế, gian lận về thuế.

Trường hợp người nộp thuế có nhiều lần đề nghị hoàn thuế trong thời hạn 02 năm, nếu trong lần đề nghị hoàn thuế đầu tiên tính từ sau thời điểm bị xử lý về hành vi trốn thuế, gian lận về thuế, cơ quan thuế kiểm tra hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế không có hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn quy định tại Điều 107 Luật Quản lý thuế, hoặc hành vi trốn thuế, gian lận thuế quy định tại Điều 108 Luật Quản lý thuế thì những lần đề nghị hoàn thuế tiếp theo, hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế không thuộc diện kiểm tra trước khi hoàn thuế. Trường hợp phát hiện những lần đề nghị hoàn thuế tiếp theo, người nộp thuế vẫn có hành vi khai sai đối với hồ sơ hoàn thuế, hành vi trốn thuế, gian lận về thuế quy định tại Điều 107, Điều 108 Luật Quản lý thuế thì hồ sơ đề nghị hoàn thuế vẫn thuộc đối tượng kiểm tra trước hoàn theo đúng thời hạn 02 năm kể từ thời điểm bị xử lý về hành vi trốn thuế, gian lận về thuế;

- Hàng hóa, dịch vụ trong bộ hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế không thực hiện giao dịch thanh toán qua ngân hàng theo quy định, bao gồm cả hàng hóa, dịch vụ mua bán trong nội địa và hàng hóa, dịch vụ xuất nhập khẩu.

- Doanh nghiệp sáp nhập, hợp nhất, chia  tách, giải thể, phá sản, chuyển đổi hình thức sở hữu, chấm dứt hoạt động; giao, bán, khoán, cho thuê doanh nghiệp nhà nước.

- Hết thời hạn theo thông báo bằng văn bản của cơ quan quản lý thuế nhưng người nộp thuế không giải trình, bổ sung hồ sơ hoàn thuế; hoặc có giải trình, bổ sung lần hai nhưng không chứng minh được số thuế đã khai là đúng. Quy định này không áp dụng đối với phần hàng hóa, dịch vụ đủ điều kiện và thủ tục hoàn thuế theo quy định.