1. Trường hợp người nộp thuế được hoàn thuế mà không phải nộp bù trừ với các loại thuế khác:

1.1. Đối với thuế giá giá trị gia tăng: Cơ quan thuế gửi quyết định hoàn thuế cho Kho bạc Nhà nước đồng cấp. Kho bạc Nhà nước thực hiện hoàn trả cho người nộp thuế và báo nợ về kho bạc nhà nước cấp trên để trích từ quỹ hoàn thuế giá trị gia tăng của Ngân sách Trung ương để chi trả.

1.2. Đối với hoàn trả các khoản thuế khác: Cơ quan thuế gửi quyết định hoàn thuế cho Kho bạc Nhà nước  nơi người được hoàn trả đã nộp thuế trước đó. Kho bạc Nhà nước thực hiện hoàn trả tiền cho người được hoàn trả. Việc hạch toán hoàn trả thực hiện theo 2 trường hợp:

1.2.1. Hoàn trả khoản thu chưa quyết toán Ngân sách Nhà nước: Kho bạc Nhà nước thực hiện hạch toán thoái thu đối với từng cấp ngân sách, theo đúng mục lục Ngân sách Nhà nước của các khoản đã thu.

1.2.2. Hoàn trả các khoản thu đã quyết toán vào niên độ ngân sách năm trước: Kho bạc Nhà nước hạch toán chi ngân sách các cấp theo số tiền tương ứng với tỷ lệ khoản thu đã phân chia cho từng cấp ngân sách trước đó.

1.3. Luân chuyển chứng từ: Kho bạc Nhà nước gửi chứng từ hoàn trả tiền thuế cho cơ quan thuế nơi quyết định hoàn thuế, cơ quan tài chính cùng cấp (hoặc cơ quan tài chính cấp trên nếu chi hoàn trả từ ngân sách cấp trên) để theo dõi, kiểm tra, đối chiếu. Hàng tháng, Kho bạc Nhà nước thông báo cho cơ quan tài chính đồng cấp về số tiền đã hoàn để kiểm tra, đối chiếu.