2. Trường hợp người nộp thuế được hoàn thuế và phải nộp bù trừ cho các khoản thuế khác.

2.1. Trường hợp hoàn trả thuế giá trị gia tăng, cơ quan thuế gửi quyết định hoàn thuế và lệnh thu thuế cho Kho bạc Nhà nước cùng cấp; trường hợp hoàn trả các khoản thu khác, cơ quan thuế gửi quyết định hoàn thuế và lệnh thu thuế cho Kho bạc Nhà nước nơi người được hoàn trả đã nộp thuế.

2.2. Việc xử lý hạch toán hoàn thuế và thu Ngân sách Nhà nước của Kho bạc Nhà nước được thực hiện:

2.2.1.  Trường hợp Kho bạc Nhà nước nơi hoàn thuế đồng thời là Kho bạc Nhà nước thực hiện thu khoản thuế còn phải nộp: Kho bạc Nhà nước  hạch toán hoàn trả thuế theo quy định tại khoản 1 mục này; hạch toán thu Ngân sách Nhà nước theo lệnh thu của cơ quan thuế và phân chia cho các cấp ngân sách; thanh toán tiền hoàn thuế còn thừa (nếu có) cho người nộp thuế.

2.2.2. Trường hợp Kho bạc Nhà nước nơi hoàn thuế khác với Kho bạc Nhà nước nơi thu khoản thuế còn phải nộp: Kho bạc Nhà nước nơi hoàn trả hạch toán hoàn trả theo quy định tại khoản 1 mục này; chuyển số tiền được hoàn trả cùng với lệnh thu Ngân sách Nhà nước của cơ quan thuế cho Kho bạc Nhà nước nơi thu thuế để làm căn cứ hạch toán thu Ngân sách Nhà nước theo đúng nội dung ghi trên lệnh thu; thanh toán tiền hoàn thuế còn thừa (nếu có) cho người nộp thuế.