2. Kiểm tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế

2.1. Các trường hợp kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế:

2.1.1. Trường hợp người nộp thuế không giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu; không khai bổ sung hồ sơ thuế hoặc giải trình, khai bổ sung hồ sơ thuế nhưng không chứng minh được số thuế đã khai là đúng; hoặc cơ quan thuế không đủ căn cứ để ấn định số thuế phải nộp.

2.1.2. Trường hợp kiểm tra trước khi hoàn thuế theo quy định, bao gồm:

- Hoàn thuế theo quy định của điều ước quốc tế mà Cộng hoà xã hội chủ nghĩa Việt Nam là thành viên.

- Người nộp thuế đề nghị hoàn thuế lần đầu.

- Người nộp thuế đã có hành vi trốn thuế, gian lận về thuế trong thời hạn 2 năm tính từ thời điểm đề nghị hoàn thuế trở về trước.

- Người nộp thuế không thực hiện giao dịch thanh toán qua ngân hàng theo quy định.

- Doanh nghiệp sáp nhập, hợp nhất, chia  tách, giải thể, phá sản, chuyển đổi hình thức sở hữu, chấm dứt hoạt động;  giao, bán, khoán, cho thuê doanh nghiệp nhà nước.

2.2. Kiểm tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế:

2.2.1. Cơ quan thuế ra quyết định kiểm tra thuế đối với trường hợp quy định tại điểm 2.1 mục này. Việc kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế chỉ được thực hiện khi có quyết định kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế. Người nộp thuế có quyền từ chối việc kiểm tra khi không có quyết định kiểm tra thuế.

Quyết định kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế do thủ trưởng cơ quan thuế ban hành. 

Quyết định kiểm tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế phải có những nội dung cơ bản sau đây:

- Căn cứ pháp lý để kiểm tra;

- Đối tượng kiểm tra (trường hợp đối tượng kiểm tra là người nộp thuế có các đơn vị thành viên thì nội dung Quyết định kiểm tra phải ghi cụ thể danh sách đơn vị thành viên thuộc đối tượng kiểm tra theo Quyết định);

- Nội dung, phạm vi kiểm tra;

- Thời gian tiến hành kiểm tra;           

- Trưởng đoàn kiểm tra và các thành viên khác của đoàn kiểm tra.

- Quyền hạn và trách nhiệm của Đoàn kiểm tra và đối tượng kiểm tra.

2.2.2. Trình tự, thủ tục kiểm tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế:

- Chậm nhất là năm ngày làm việc kể từ ngày ký quyết định, Quyết định kiểm tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế phải được gửi cho người nộp thuế. 

- Trong thời hạn ba ngày làm việc, kể từ ngày nhận được Quyết định kiểm tra thuế hoặc trước thời điểm tiến hành kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế mà người nộp thuế chứng minh được với cơ quan thuế số thuế đã khai là đúng hoặc nộp đủ số tiền thuế phải nộp theo tính toán của cơ quan thuế, thì Thủ trưởng cơ quan thuế ra Quyết định bãi bỏ Quyết định kiểm tra thuế.

- Việc kiểm tra theo Quyết định kiểm tra thuế phải được tiến hành chậm nhất là mười ngày làm việc, kể từ ngày ban hành Quyết định. Khi bắt đầu tiến hành kiểm tra thuế, trưởng đoàn kiểm tra thuế có trách nhiệm công bố Quyết định kiểm tra thuế và giải thích nội dung Quyết định kiểm tra để đối tượng kiểm tra hiểu và có trách nhiệm chấp hành Quyết định kiểm tra. Trường hợp khi nhận được Quyết định kiểm tra, người nộp thuế đề nghị hoãn thời gian tiến hành kiểm tra thì phải có văn bản gửi cơ quan thuế nêu rõ lý do và thời gian hoãn để xem xét quyết định. Trong thời hạn năm ngày làm việc kể từ ngày nhận được văn bản đề nghị hoãn thời gian kiểm tra, cơ quan thuế thông báo cho người nộp thuế biết về việc chấp nhận hay không chấp nhận việc hoãn thời gian kiểm tra.

- Trong quá trình thực hiện Quyết định kiểm tra, Đoàn kiểm tra thực hiện việc đối chiếu nội dung trong hồ sơ thuế với sổ kế toán, chứng từ kế toán, báo cáo tài chính, các tài liệu có liên quan, tình trạng thực tế trong phạm vi nội dung của Quyết định kiểm tra thuế.

Trường hợp xét thấy cần thiết phải tạm giữ tài liệu, tang vật liên quan đến hành vi trốn thuế, gian lận thuế, Trưởng đoàn kiểm tra báo cáo bằng văn bản để người ra quyết định kiểm tra quyết định áp dụng biện pháp tạm giữ tài liệu, tang vật liên quan đến hành vi trốn thuế, gian lận thuế theo quy định.

Người nộp thuế có nghĩa vụ cung cấp kịp thời, đầy đủ, chính xác các thông tin, tài liệu liên quan đến nội dung kiểm tra theo yêu cầu của Đoàn kiểm tra; chịu trách nhiệm trước pháp luật về tính chính xác của thông tin, tài liệu đã cung cấp. Đối với các thông tin, tài liệu không liên quan đến nội dung kiểm tra; thông tin, tài liệu thuộc bí mật nhà nước, người nộp thuế có quyền từ chối cung cấp, trừ trường hợp pháp luật có quy định khác.

- Thời hạn kiểm tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế không quá năm ngày làm việc, kể từ ngày bắt đầu tiến hành kiểm tra. Trong trường hợp xét thấy cần thiết, cần có thêm thời gian để xác minh, thu thập chứng cứ thì chậm nhất là một ngày trước khi kết thúc thời hạn kiểm tra theo quy định, Trưởng đoàn kiểm tra phải báo cáo bằng văn bản với người ra Quyết định kiểm tra để gia hạn kiểm tra. Quyết định kiểm tra chỉ được gia hạn một  lần, dưới hình thức văn bản. Thời gian gia hạn không quá năm ngày làm việc.

2.2.3. Biên bản kiểm tra thuế:

Biên bản kiểm tra thuế phải được lập theo mẫu số 04/KTTT ban hành kèm theo Thông tư này và được ký trong thời hạn năm ngày làm việc, kể từ ngày kết thúc kiểm tra.

Biên bản kiểm tra gồm các nội dung chính sau:

- Các căn cứ pháp lý để thiết lập biên bản.

- Mô tả thực trạng diễn biến của sự việc theo nội dung đã kiểm tra; nêu cụ thể kết quả đối chiếu của đoàn kiểm tra với số liệu kê khai, báo cáo của người nộp thuế; giải thích lý do, nguyên nhân;

- Kết luận về từng nội dung đã tiến hành kiểm tra, xác định hành vi vi phạm, mức độ vi phạm; xử lý vi phạm theo thẩm quyền; kiến nghị biện pháp xử lý không thuộc thẩm quyền của Đoàn kiểm tra.

Biên bản kiểm tra phải được công bố công khai trước Đoàn kiểm tra và người nộp thuế được kiểm tra. Biên bản kiểm tra phải được Trưởng đoàn kiểm tra và người nộp thuế (hoặc đại diện hợp pháp của người nộp thuế) ký vào từng trang, đóng dấu của người nộp thuế (nếu có). 

Người nộp thuế được quyền nhận biên bản kiểm tra thuế, yêu cầu giải thích nội dung Biên bản kiểm tra thuế và bảo lưu ý kiến trong Biên bản kiểm tra thuế.

2.2.4. Xử lý kết quả kiểm tra thuế:

- Chậm nhất năm ngày làm việc kể từ ngày ký Biên bản kiểm tra với người nộp thuế, Trưởng đoàn kiểm tra phải báo cáo người ra quyết định kiểm tra thuế về kết quả kiểm tra. Trường hợp kết quả kiểm tra dẫn đến phải xử lý về thuế, xử phạt vi phạm hành chính thì trong thời hạn không quá mười ngày làm việc kể từ ngày ký biên bản, Thủ trưởng cơ quan thuế phải ra quyết định xử lý thuế, xử phạt vi phạm hành chính. Người nộp thuế có nghĩa vụ chấp hành quyết định xử lý kết quả kiểm tra về thuế.

- Trường hợp mức xử phạt đối với hành vi vi phạm của người nộp thuế vượt quá thẩm quyền xử phạt của người ra quyết định kiểm tra thuế, trong thời hạn mười ngày làm việc kể từ ngày ký biên bản kiểm tra thuế, người ra quyết định kiểm tra có văn bản đề nghị người có thẩm quyền xử phạt vi phạm hành chính về thuế (kèm theo Biên bản kiểm tra) và thông báo cho người nộp thuế biết.

Trong thời hạn mười ngày làm việc kể từ ngày nhận được đề nghị ra quyết định xử phạt vi phạm hành chính về thuế, người nhận được văn bản đề nghị của cơ quan thuế phải ra quyết định xử phạt vi phạm hành chính về thuế; hoặc thông báo và chuyển hồ sơ lại cơ quan thuế đã đề nghị về việc không thuộc thẩm quyền xử phạt.

Trường hợp qua kiểm tra thuế mà phát hiện hành vi vi phạm về thuế  có dấu hiệu trốn thuế, gian lận về thuế thì trong thời hạn năm ngày làm việc, kể từ ngày phát hiện, đoàn kiểm tra có trách nhiệm báo cáo thủ trưởng cơ quan thuế để chuyển hồ sơ sang bộ phận thanh tra thuế và bổ sung vào kế hoạch thanh tra theo trường hợp quy định tại khoản 2 Điều 81 của Luật Quản lý thuế.