5. Tiến hành thanh tra:

5.1. Công bố Quyết định thanh tra:

Quyết định thanh tra thuế phải được công bố chậm nhất là mười lăm ngày, kể từ ngày ban hành.

Trước khi công bố Quyết định thanh tra, Trưởng đoàn thanh tra thông báo với đối tượng thanh tra về thời gian, thành phần tham dự, địa điểm công bố Quyết định. Khi công bố Quyết định thanh tra, Trưởng đoàn thanh tra phải đọc toàn văn Quyết định thanh tra; giải thích rõ về nội dung quyết định thanh tra đối tượng thanh tra hiểu rõ và có trách nhiệm chấp hành Quyết định thanh tra; thông báo chương trình làm việc giữa Đoàn thanh tra với đối tượng thanh tra và những công việc khác có liên quan đến hoạt động thanh tra.

Việc công bố Quyết định thanh tra phải được lập biên bản theo mẫu số 05/KTTT ban hành kèm theo Thông tư này.

Trường hợp khi nhận được Quyết định thanh tra, người nộp thuế đề nghị hoãn thời gian tiến hành thanh tra thì phải có văn bản gửi cơ quan thuế, nêu rõ lý do và thời gian hoãn để xem xét quyết định. Trong thời hạn năm ngày làm việc kể từ ngày nhận được văn bản đề nghị hoãn thời gian thanh tra, cơ quan thuế thông báo cho người nộp thuế biết về việc chấp nhận hay không chấp nhận việc hoãn thời gian thanh tra.

5.2. Thực hiện thanh tra:

- Khi bắt đầu tiến hành thanh tra, Đoàn thanh tra yêu cầu người nộp thuế cung cấp các thông tin, tài liệu liên quan đến nội dung thanh tra như hồ sơ đăng ký kinh doanh, đăng ký thuế, tình trạng đăng ký sửa dụng hoá đơn, sổ kế toán, chứng từ kế toán, báo cáo tài chính, hồ sơ khai thuế... Người nộp thuế có nghĩa vụ cung cấp kịp thời, đầy đủ, chính xác các thông tin, tài liệu liên quan đến nội dung thanh tra theo yêu cầu của cơ quan thuế. Đối với những thông tin, tài liệu không liên quan đến nội dung thanh tra thuế, thông tin, tài liệu thuộc bí mật Nhà nước, người nộp thuế có quyền từ chối cung cấp, trừ trường hợp pháp luật có quy định khác. Khi tiếp nhận các tài liệu do người nộp thuế cung cấp, Đoàn thanh tra có trách nhiệm kiểm đếm, bảo quản, khai thác, sử dụng tài liệu đúng mục đích, không để thất lạc tài liệu. Trường hợp có căn cứ xác định người nộp thuế vi phạm pháp luật về thuế, Trưởng đoàn thanh tra ra quyết định niêm phong một phần hoặc toàn bộ tài liệu có liên quan tới nội dung thanh tra. Việc niêm phong, mở niêm phong khai thác tài liệu hoặc huỷ bỏ niêm phong thực hiện theo đúng quy định của pháp luật.

- Trong quá trình thực hiện Quyết định thanh tra, Đoàn thanh tra thực hiện việc đối chiếu thông tin trong hồ sơ khai thuế với sổ kế toán, chứng từ kế toán, báo cáo tài chính, các tài liệu có liên quan, khi cần thiết có thể tiến hành kiểm kê tài sản của người nộp thuế trong phạm vi nội dung của Quyết định thanh tra thuế để phát hiện, làm rõ các vấn đề, các sự kiện và kết luận chính xác, trung thực, khách quan về nội dung thanh tra.

- Đối với những sự việc, tài liệu phản ánh chưa rõ, chưa đủ cơ sở kết luận, Đoàn thanh tra chuẩn bị chi tiết nội dung yêu cầu người nộp thuế giải trình bằng văn bản. Trường hợp giải trình bằng văn bản của người nộp thuế chưa rõ, Đoàn thanh tra tổ chức đối thoại, chất vấn người nộp thuế để làm rõ nội dung và trách nhiệm của tập thể, cá nhân. Cuộc đối thoại, chất vấn phải được lập biên bản có chữ ký xác nhận của các bên và được ghi âm trong trường hợp cần thiết.

- Trường  hợp cần thiết phải giám định tài liệu, Trưởng đoàn thanh tra báo cáo người ra quyết định thanh tra quyết định trưng cầu giám định. Đoàn thanh tra lập biên bản thu giữ tài liệu ghi rõ tình trạng của tài liệu đó (kể cả hiện vật nếu có) để chuyển cơ quan giám định.

- Trong quá trình thanh tra, nếu phát hiện người nộp thuế có dấu hiệu trốn thuế, gian lận thuế liên quan đến tổ chức, cá nhân khác, hoặc dấu hiệu trốn thuế, gian lận thuế có tính chất phức tạp thì cơ quan thuế có quyền áp dụng các biện pháp trong thanh tra theo quy định tại Điều 89, Điều 90, Điều 91 của Luật Quản lý thuế và hướng dẫn tại mục III Phần này.

- Đoàn thanh tra thực hiện lập hồ sơ chứng lý thanh tra làm tài liệu gốc để lập Biên bản thanh tra, gồm có các biên bản ghi nhận kết quả đối chiếu; các bản sao chụp các tài liệu có liên quan (kể cả tài liệu ghi âm, ghi hình); biên bản kiểm kê kho quỹ và ghi nhận kết quả làm việc của thành viên Đoàn thanh tra, với các đối tượng có liên quan của doanh nghiệp; các tài liệu, báo cáo của doanh nghiệp lập theo yêu cầu của Đoàn thanh tra hoặc các bảng kê tài liệu, số liệu mà đoàn thanh tra lập cùng với người nộp thuế...

5.3. Lập biên bản thanh tra thuế:

Biên bản thanh tra thuế phải được lập theo mẫu số 04/KTTT ban hành kèm theo Thông tư này và được ký trong thời hạn năm ngày làm việc, kể từ ngày kết thúc thanh tra.

Biên bản thanh tra thuế phải có các nội dung sau đây:

- Các căn cứ pháp lý để lập biên bản.

- Mô tả nội dung đã thanh tra, kết quả đối chiếu của đoàn thanh tra với số liệu kê khai, báo cáo của người nộp thuế; giải thích lý do, nguyên nhân; đưa ra các bằng chứng thanh tra.

- Kết luận về từng nội dung đã tiến hành thanh tra, xác định hành vi vi phạm, mức độ vi phạm; xử lý vi phạm theo thẩm quyền; kiến nghị biện pháp xử lý không thuộc thẩm quyền của Đoàn thanh tra.

 Biên bản thanh tra phải được công bố công khai trước Đoàn thanh tra và người nộp thuế được thanh tra. Biên bản thanh tra phải được Trưởng đoàn thành tra và người nộp thuế (hoặc đại diện hợp pháp của người nộp thuế) ký vào từng trang, đóng dấu của người nộp thuế (nếu có). 

Người nộp thuế được quyền nhận Biên bản thanh tra thuế, yêu cầu giải thích nội dung Biên bản thanh tra thuế và bảo lưu ý kiến trong Biên bản thanh tra thuế.