I. ĐIỀU KIỆN, NGUYÊN TẮC ÁP DỤNG ƯU ĐÃI THUẾ THU NHẬP DOANH NGHIỆP

1. Điều kiện áp dụng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp: Các ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp chỉ áp dụng đối với doanh nghiệp thực hiện chế độ kế toán, hoá đơn, chứng từ theo quy định và đăng ký, nộp thuế thu nhập doanh nghiệp theo kê khai.

2. Nguyên tắc áp dụng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp

2.1. Trong thời gian đang ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp nếu doanh nghiệp thực hiện nhiều hoạt động sản xuất, kinh doanh thì doanh nghiệp phải hạch toán riêng thu nhập từ hoạt động sản xuất, kinh doanh được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp (bao gồm mức thuế suất ưu đãi hoặc miễn, giảm thuế).

            Trường hợp trong kỳ tính thuế doanh nghiệp không hạch toán riêng thu nhập từ hoạt động sản xuất kinh doanh được hưởng ưu đãi thuế và thu nhập từ hoạt động sản xuất kinh doanh không được hưởng ưu đãi thuế thì phần thu nhập của hoạt động sản xuất kinh doanh ưu đãi thuế xác định bằng (=) tổng thu nhập chịu thuế của hoạt động sản xuất kinh doanh (không bao gồm thu nhập khác) nhân (x) với tỷ lệ phần trăm (%) của doanh thu hoạt động sản xuất kinh doanh ưu đãi thuế so với tổng doanh thu của doanh nghiệp trong kỳ tính thuế.

2.2. Doanh nghiệp thành lập mới từ dự án đầu tư được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp là doanh nghiệp đăng ký kinh doanh doanh lần đầu, trừ các trường hợp sau: 

a) Doanh nghiệp thành lập trong các trường hợp chia, tách, sáp nhập, hợp nhất theo quy định của pháp luật;

b) Doanh nghiệp thành lập do chuyển đổi hình thức doanh nghiệp, chuyển đổi sở hữu, trừ trường hợp giao, khoán, cho thuê doanh nghiệp nhà nước;

c) Doanh nghiệp tư nhân, Công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên  mới thành lập mà chủ doanh nghiệp là chủ hộ kinh doanh cá thể và không có thay đổi về ngành nghề kinh doanh trước đây.

            d) Doanh nghiệp tư nhân, công ty hợp danh, công ty trách nhiệm hữu hạn hoặc hợp tác xã mới thành lập mà người đại diện theo pháp luật (trừ trường hợp người đại diện theo pháp luật không phải là thành viên góp vốn), thành viên hợp danh hoặc người có số vốn góp cao nhất đã tham gia hoạt động kinh doanh với vai trò là người đại diện theo pháp luật, thành viên hợp danh hoặc người có số vốn góp cao nhất trong các doanh nghiệp đang hoạt động hoặc đã giải thể nhưng chưa được 12 tháng tính từ thời điểm giải thể doanh nghiệp cũ đến thời điểm thành lập doanh nghiệp mới.

Dự án đầu tư  là tập hợp các đề xuất bỏ vốn trung và dài hạn để tiến hành các hoạt động đầu tư theo quy định của pháp luật về đầu tư.

Thông tư 18/2011/TT-BTC Bổ sung điểm 2.2 mục I Phần H nội dung sau:

Trường hợp doanh nghiệp thành lập mới từ dự án đầu tư mà dự án đầu tư trong nước có quy mô vốn đầu tư dưới mười lăm (15) tỷ đồng Việt Nam và không thuộc Danh mục lĩnh vực đầu tư có điều kiện thì hồ sơ để xác định dự án đầu tư là giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp.

Trường hợp doanh nghiệp  thành lập mới từ dự án đầu tư mà dự án đầu tư trong nước có quy mô vốn đầu tư từ mười lăm (15) tỷ đồng Việt Nam đến dưới ba trăm (300) tỷ đồng Việt Nam và không thuộc Danh mục lĩnh vực đầu tư có điều kiện thì nhà đầu tư làm thủ tục đăng ký đầu tư theo mẫu tại cơ quan nhà nước quản lý đầu tư cấp tỉnh.

2.3. Trong cùng một kỳ tính thuế  nếu có một khoản thu nhập  thuộc diện áp dụng thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp ưu đãi và thời gian miễn thuế, giảm thuế theo nhiều trường hợp khác nhau thì doanh nghiệp tự lựa chọn một trong những trường hợp ưu đãi  thuế thu nhập doanh nghiệp có lợi nhất.

2.4. Trong thời gian được ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp, nếu trong năm tính thuế mà doanh nghiệp không đáp ứng đủ một trong các điều kiện ưu đãi thuế quy định tại Thông tư này thì doanh nghiệp không được hưởng ưu đãi trong năm tính thuế đó mà phải nộp thuế thu nhập doanh nghiệp theo mức thuế suất 25%.

Trường hợp trong kỳ tính thuế doanh nghiệp vừa có hoạt động kinh doanh được hưởng ưu đãi thuế vừa có hoạt động kinh doanh không được hưởng ưu đãi thuế thì phải hạch toán riêng thu nhập từ hoạt động kinh doanh được hưởng ưu đãi thuế và hoạt động kinh doanh không được ưu đãi thuế để kê khai nộp thuế riêng.

2.5. Trường hợp hoạt động kinh doanh được hưởng ưu đãi thuế bị lỗ, hoạt động kinh doanh không được hưởng ưu đãi thuế (trừ hoạt động chuyển nhượng bất động sản) có thu nhập (hoặc ngược lại) thì doanh nghiệp bù trừ  vào thu nhập chịu thuế của các hoạt động kinh doanh có thu nhập do doanh nghiệp tự lựa chọn. Phần thu nhập còn lại sau khi bù trừ áp dụng mức thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp theo mức thuế suất của hoạt động kinh doanh còn thu nhập.

Thông tư 18/2011/TT-BTC Sửa đổi điểm 2.5 mục I Phần H như sau:

Trường hợp trong năm doanh nghiệp có phát sinh hoạt động kinh doanh được hưởng ưu đãi thuế bị lỗ, hoạt động kinh doanh không được hưởng ưu đãi thuế, thu nhập khác của các hoạt động kinh doanh (không bao gồm thu nhập từ hoạt động chuyển nhượng bất động sản) có thu nhập (hoặc ngược lại) thì doanh nghiệp bù trừ vào thu nhập chịu thuế của các hoạt động có thu nhập do doanh nghiệp lựa chọn. Phần thu nhập còn lại sau khi bù trừ áp dụng mức thuế suất thuế TNDN theo mức thuế suất của hoạt động còn thu nhập.

2.6. Việc ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp không áp dụng đối với:

a) Các khoản thu nhập khác quy định tại mục V Phần C Thông tư này.

b) Thu nhập từ hoạt động tìm kiếm, thăm dò, khai thác dầu khí và tài nguyên quí hiếm khác.

c) Thu nhập từ kinh doanh trò chơi có thưởng, cá cược theo quy định của pháp luật.

d) Thu nhập từ hoạt động khai thác khoáng sản.

2.7. Doanh nghiệp thành lập từ chuyển đổi loại hình doanh nghiệp, chuyển đổi sở hữu, chia, tách, sáp nhập, hợp nhất chịu trách nhiệm trả các khoản nợ tiền thuế, tiền phạt về thuế thu nhập doanh nghiệp của doanh nghiệp bị chuyển đổi, chia, tách, sáp nhập, hợp nhất và được kế thừa các ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp cho thời gian còn lại nếu tiếp tục đáp ứng các điều kiện ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp.

2.8. Doanh nghiệp trong thời gian đang được hưởng ưu đãi miễn thuế, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định, cơ quan có thẩm quyền kiểm tra, thanh tra kiểm tra phát hiện tăng số thuế thu nhập doanh nghiệp của thời kỳ miễn thuế, giảm thuế  thì doanh nghiệp được hưởng miễn thuế, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định. Tuỳ theo lỗi của doanh nghiệp, cơ quan có thẩm quyền kiểm tra, thanh tra áp dụng các mức xử phạt  vi phạm pháp luật về thuế theo quy định.

- Doanh nghiệp đang trong thời gian miễn thuế, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp, cơ quan có thẩm quyền kiểm tra, thanh tra quyết toán thuế kiểm tra phát hiện số thuế thu nhập doanh nghiệp miễn thuế, giảm thuế theo quy định nhỏ hơn so với đơn vị tự kê khai thì doanh nghiệp chỉ được miễn thuế, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp theo số thuế thu nhập doanh nghiệp do kiểm tra, thanh tra phát hiện. Tuỳ theo lỗi của doanh nghiệp, cơ quan có thẩm quyền kiểm tra, thanh tra áp dụng các mức xử phạt  vi phạm  pháp luật về thuế theo quy định.